皖南医学院马克思主义学院办学历史悠久，学院起始于1958年皖南医学院办学初期的马列主义教研组，1978年学校成立政治理论教研室，1982年成立德育教研室，1985年政治理论教研室更名为马列主义教研室，1999年马列、德育两个教研室合并成立社会科学教育部，2011年成立思想政治理论课教研部，2016年5月成立马克思主义学院。

学院是独立设置、直属学校领导的思想政治理论课教学科研二级机构，是学校马克思主义理论学科建设的依托单位。下设“习近平新时代中国特色社会主义思想”“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”“马克思主义基本原理”“中国近现代史纲要”“思想道德与法治”“形势与政策”6个教研室和1个“思政课实践实训中心”。

学院拥有马克思主义理论1个一级学科硕士学位授权点和1个校级一流学科，拥有“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”“马克思主义基本原理”“中国近现代史纲要”“思想道德与法治”4个安徽省弘扬核心价值观名师工作室，拥有“安徽省高校思想政治理论课教学科研团队”1个省级教学科研团队和“德育与医学人文教育协同研究中心”1个校级研究机构。

学院现有思政课专职教师53人，其中教授2人、副教授11人、博士13人、博士后1人，获“全国高校思想政治理论课教学骨干”荣誉称号1人、安徽省“优秀党务工作者” 荣誉称号1人、安徽省“教坛新秀”荣誉称号3人、校学术和技术带头人后备人选2人。

学院自2016年成立以来，获安徽省教学成果奖一等奖1项、三等奖1项，安徽省社会科学奖三等奖1项。获安徽省弘扬核心价值观名师工作室项目3项，安徽省高校思想政治工作能力提升项目14项，安徽省高等学校质量工程项目15项。获国家社会科学基金项目2项，教育部人文社会科学研究项目6项，安徽省哲学社会科学规划项目11项，安徽省社会科学创新发展研究课题4项，安徽省高校人文社会科学研究重大项目4项、重点项目10项。出版学术专著5部。