皖南医学院马克思主义学院办学历史悠久，学院起始于1958年皖南医学院办学初期的马列主义教研组，1978年学校成立政治理论教研室，1982年成立德育教研室，1985年政治理论教研室更名为马列主义教研室，1999年马列、德育两个教研室合并成立社会科学教育部，2011年成立思想政治理论课教研部，2016年5月成立马克思主义学院。

学院是独立设置、直属学校领导的思想政治理论课教学科研二级机构，是学校马克思主义理论学科建设的依托单位。设党政办公室、教学科研办公室、研究生工作办公室等3个行政科室，“习近平新时代中国特色社会主义思想概论”“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”、“马克思主义基本原理”、“中国近现代史纲要”、“思想道德与法治”、“形势与政策”等6个教研室和思政课实践实训中心。

学院拥有马克思主义理论一级学科硕士学位授权点和马克思主义理论校级一流学科，“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”、“马克思主义基本原理”、“中国近现代史纲要”、“思想道德与法治”等4个安徽省弘扬核心价值观名师工作室、安徽省高校思想政治理论课教学科研团队和皖南医学院德育与医学人文教育协同研究中心。

学院现有思政课专职教师54人（另有兼职教师6人），其中教授7人、副教授12人、博士20人、博士后1人。获“全国高校思想政治理论课教学骨干”荣誉称号1人、安徽省“教坛新秀”荣誉称号2人、安徽省“优秀党务工作者” 荣誉称号1人，入选校学术和技术带头人后备人选2人、硕士生导师7人。

近五年，获国家社会科学基金项目1项，教育部人文社会科学研究项目3项，安徽省哲学社会科学规划项目2项，安徽省社会科学创新发展研究课题3项，安徽省高校人文社会科学研究优秀青年项目1项、重大项目2项、重点项目13项，安徽省高校优秀拔尖人才培育资助项2项，安徽省高校“三全育人”综合改革和思想政治能力提升计划项目23项，省级质量工程项目17项。获安徽省教学成果奖一等奖1项、三等奖1项，安徽省社会科学奖三等奖1项。

（2023年10月更新）