马克思主义理论学科于2016年获批学校重点学科，2021年被遴选为学校一流学科，2022年获批一级学科硕士学位授权点。目前设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育3个研究方向。

本学位点拥有国家级“大思政课”实践教学基地（皖南医学院弋矶山医院抗击疫情专题实践教学基地），省级弘扬核心价值观名师工作室（毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、马克思主义基本原理、中国近现代史纲要、思想道德与法治），省级研究生名师工作室，省级大中小学思政课一体化共同体，上海社会科学院马克思主义学院研究生联合培养基地，苏州大学老挝-大湄公河次区域国家研究中心皖南医学院分中心，皖南医学院“德育与医学人文教育协同研究中心”，皖南医学院“思政课实践教学虚拟仿真中心”等教学科研平台。

学位点注重培养研究生的综合素质能力，让学生掌握马克思主义基本理论及其教育教学的实践和规律，能够较好运用马克思主义立场观点方法去分析和解决社会现实问题，毕业后能胜任大中小学思政课教师、高校辅导员和各级党校、党政机关、企事业单位、医疗机构党务人员等工作岗位。